建立现代企业制度是乡镇企业改革与发展的方向。管理现代化、科学化是现代企业制度的基本内容，也是现代企业制度正常运作和充分发挥作用的具体表现。在目前乡镇企业改革中，普遍存在着重改轻管、以改代管、以股代管等现象。有些企业改制后仍不景气，其主要原因就是有了好机制，而缺乏好管理。乡镇企业要在激烈的市场竞争中再次腾飞，必须在制度创新的基础上进行管理创新，努力把企业管理提高到一个新层次。
产权制度改革是乡镇企业第二次创业的根本，而管理制度的创新则是乡镇企业第二次创业的关键，是改制企业发挥新优势的保证。产权制度改革需要现代科学管理与之相配套，管理则可以巩固改制的成果。两者相辅相成、相互保证、相互促进。
乡镇企业管理已经历了“农业型”管理、“经验型”管理、“制度化”管理三个阶段，最终将向“有效的现代化”管理阶段转变，以实现乡镇企业持续稳定的发展。目前大多数乡镇企业处于“制度化”管理阶段，其主要特点是，通过建立健全内部规章制度约束、规范劳动者行为。制度管理和经验管理相比较，具有科学性、规范化、效益性的特点。当前制度管理应特别注重财务管理和质量管理，积极创造条件向“有效的现代化”管理阶段转化。要摒弃过去那种认为财务管理仅仅是事后算账的陈旧观念，把财务管理放在生产经营活动的核心位置来予以重视和考虑，在以价值管理、效益决策取代实物管理的过程中予以创新，实现企业内部管理以计划为核心向以财务为核心的转移；把质量视为企业的生命线，建立质量标准国际化、质量管理标准化、质量考核严格化、质量体系规范化的管理体系。应采取如下对策：
建立以财务管理为核心的运行机制
现代企业的目标已不再是单纯的利润最大化，而是股东权益的最大化，或者说是所有者权益最大化。企业管理的具体目标转移为维持良好的财务状况，实现收益性与流动性的统一。要完成企业管理目标，必须落实财务管理目标，合理筹集资金，有效投放和运用资金，提高企业盈利能力，保证股东权益资金的保值和增值。
首先，实行财务管理部门与会计部门相分离。财务管理部门承担企业资金筹集、运用、投资、分配等管理任务，从事企业内部各单位资金核定、分配、结算、考核。这有利于现有财务人员从繁杂的会计核算中分离出来，造就一批财务管理专业队伍，培养一批财务管理专家。其次，建立科学的内部财务管理制度。对企业的资金筹集与配置，企业的平衡与发展，风险防范与处理，经营扩张与收缩，生产开拓与约束等重大财务活动建立分析、预测、研究、比较、决策、申报的工作机制。建立财务总监制度、财务管理部门参与决策制度等。第三，建立以财务信息为中心的管理信息系统。广泛利用电子计算机等现代化手段处理财务信息，实现电算化管理，促进企业管理水平的提高。第四，增强经营者财务管理意识，提高财务管理人员素质。改变目前部分经营者对财务管理作用不够重视的现状，加大培训力度，让经营者掌握财务管理知识，自觉地参与财务管理；大力提高财务管理人员的业务素质，使财务管理人员，精通财务管理专业知识，熟悉生产经营和金融、保险、证券、期货、预测、决策等方面的管理，有较强的分析、研究、综合决策能力，建设一批具有较高素质的财务管理专家队伍。
实行会计委派制
会计委派制度的核心是实现财务监督权与厂长经理的经营管理权分权制衡，使会计工作的服务与监督达到有机统一，确保会计人员切实履行财务监督职责。抓住财务管理这一“牛鼻子”，既规范企业的生产经营活动，又规范企业经营者的日常行为，就从源头扎紧了“钱口袋”。在现实的大量企业中，相当一部分会计人员根本无“当家人”的权力和责任，对企业生产经营活动和企业领导的管理起不到监督作用。实行会计委派制度就是企业会计由乡镇集体经济组织直接委派，厂长经理无权擅自聘用和解聘会计。会计的职能，由原来单一的记帐、出纳，拓展到核算、预测、监督等方面。实行会计委派制后，会计人员不仅要服务于企业，更要对集体资产负责，提高会计工作真实反映企业经营状况的自觉性。
推行全面质量管理
全面质量管理是现代企业管理中的重要内容。目前我国和大多数国家都采用国际标准化组织质量管理和质量保证技术委员会提出的ISO—9000系统和ISO—14000系列标准。只有取得ISO—9000系列标准认证的产品或服务，才有准入国际市场的资格，只有获得ISO—14000系列标准认证绿色标志的产品，才能把握国际市场竞争的主动权。目前已有不少乡镇企业的产品或服务通过ISO—9000认证，但通过ISO—14000系列标准认证的还极为少见。今后应努力创造条件通过该两项认证，使其在质量管理上迈上新台阶。此外，乡镇企业还要强化质量意识，树立危机感，不断强化以质取胜的观念；建立严格的质量责任制，层层落实质量管理职能，实行质量否决，实现从产品开发直至售后服务全过程的全面质量管理。
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